Vastavalt KaMS § 51 lõikele 1 kustutatakse kaubamärk registrist kuue kuu möödumisel kehtivusaja lõppemisest, kui ei ole nõutud kaubamärgi kehtivusaja pikendamist. Kustutamine jõustub tagasiulatuvalt kehtivusaja lõppemise kuupäeval.

Kaubamärk kustutatakse vastavalt KaMS § 51 lõikele 2 registrist ennetähtaegselt, kui Patendiametile on esitatud sellekohane jõustunud kohtulahend või kui kaubamärgiomanik on kaubamärgist loobunud. Kui kaubamärgiomanik on kaubamärgist loobunud, esitatakse Patendiametile sellekohane avaldus.

Praktikas kõige keerulisem on kaubamärgi kustutamine KaMS § 51 lõike 3 alusel, mis sätestab, et kaubamärk kustutatakse registrist asjast huvitatud isiku taotlusel, kui ühe aasta jooksul äriühingu äriregistrist kustutamisest arvates ei ole esitatud kirjalikku avaldust registris kaubamärgi võõrandamise või ülemineku kande tegemiseks. Patendiametile eeltoodud alusel kustutamise avalduse esitamiseks tuleb ühtlasi ka tõendada, et varasemalt registrisse kantud kaubamärk takistab hilisema kaubamärgi menetluses selle registreerimist. Registreeringu tegemise takistuse kohta peab sellisel juhul Patendiameti kaubamärgiosakond olema hilisemale kaubamärgitaotlejale esitanud ka vastavasisulise teate.